Constant Field Values
Contents
org.snpsift.*
-
org.snpsift.SnpSift Modifier and Type Constant Field Value public static final java.lang.String
BUILD
"2022-02-24 06:09"
public static final java.lang.String
REVISION
""
public static final java.lang.String
SOFTWARE_NAME
"SnpSift"
public static final java.lang.String
VERSION
"5.1 (build 2022-02-24 06:09), by Pablo Cingolani"
public static final java.lang.String
VERSION_MAJOR
"5.1"
public static final java.lang.String
VERSION_NO_NAME
"SnpSift 5.1 (build 2022-02-24 06:09), by Pablo Cingolani"
public static final java.lang.String
VERSION_SHORT
"5.1"
-
org.snpsift.SnpSiftCmdAnnotate Modifier and Type Constant Field Value public static final int
SHOW
100
-
org.snpsift.SnpSiftCmdCaseControl Modifier and Type Constant Field Value public static final int
SHOW_EVERY
100
public static final java.lang.String
VCF_INFO_CASE
"Cases"
public static final java.lang.String
VCF_INFO_CC_ALL
"CC_ALL"
public static final java.lang.String
VCF_INFO_CC_DOM
"CC_DOM"
public static final java.lang.String
VCF_INFO_CC_GENO
"CC_GENO"
public static final java.lang.String
VCF_INFO_CC_REC
"CC_REC"
public static final java.lang.String
VCF_INFO_CC_TREND
"CC_TREND"
public static final java.lang.String
VCF_INFO_CONTROL
"Controls"
-
org.snpsift.SnpSiftCmdConcordance Modifier and Type Constant Field Value public static final java.lang.String
MISSING_ENTRY
"MISSING_ENTRY"
public static final java.lang.String
MISSING_GENOTYPE
"MISSING_GT"
public static final java.lang.String
SEP
"_"
public static final java.lang.String
SEP_GT
"/"
public static final int
SHOW_EVERY
10000
-
org.snpsift.SnpSiftCmdDbNsfp Modifier and Type Constant Field Value public final java.lang.String
CONFIG_DBNSFP_DB_NAME
"dbnsfp"
public static final java.lang.String
DBNSFP_VCF_INFO_PREFIX
"dbNSFP_"
public static final java.lang.String
DEFAULT_FIELDS_NAMES_TO_ADD
"Uniprot_acc,Interpro_domain,SIFT_pred,Polyphen2_HDIV_pred,Polyphen2_HVAR_pred,LRT_pred,MutationTaster_pred,GERP++_NR,GERP++_RS,phastCons100way_vertebrate,1000Gp1_AF,1000Gp1_AFR_AF,1000Gp1_EUR_AF,1000Gp1_AMR_AF,1000Gp1_ASN_AF,ESP6500_AA_AF,ESP6500_EA_AF,MutationTaster_pred,MutationAssessor_pred,FATHMM_pred,PROVEAN_pred,CADD_phred,MetaSVM_pred,1000Gp3_AC,1000Gp3_AF,1000Gp3_AFR_AC,1000Gp3_AFR_AF,1000Gp3_EUR_AC,1000Gp3_EUR_AF,1000Gp3_AMR_AC,1000Gp3_AMR_AF,1000Gp3_EAS_AC,1000Gp3_EAS_AF,1000Gp3_SAS_AC,1000Gp3_SAS_AF,ESP6500_AA_AC,ESP6500_AA_AF,ESP6500_EA_AC,ESP6500_EA_AF,ExAC_AC,ExAC_AF,ExAC_Adj_AC,ExAC_Adj_AF,ExAC_AFR_AC,ExAC_AFR_AF,ExAC_AMR_AC,ExAC_AMR_AF,ExAC_EAS_AC,ExAC_EAS_AF,ExAC_FIN_AC,ExAC_FIN_AF,ExAC_NFE_AC,ExAC_NFE_AF,ExAC_SAS_AC,ExAC_SAS_AF"
public static final int
MIN_JUMP
100
public static final int
SHOW_EVERY
100
-
org.snpsift.SnpSiftCmdExtractFields Modifier and Type Constant Field Value public static final int
SHOW
10000
-
org.snpsift.SnpSiftCmdFilter Modifier and Type Constant Field Value public static final java.lang.String
VCF_INFO_FILTER_DELETED
"FILTER_DELETED"
-
org.snpsift.SnpSiftCmdGeneSets Modifier and Type Constant Field Value public static final java.lang.String
INFO_GENE_SETS
"MSigDb"
public static final int
SHOW
10000
public static final int
SHOW_LINES
1000000
-
org.snpsift.SnpSiftCmdGwasCatalog Modifier and Type Constant Field Value public final java.lang.String
CONFIG_GWAS_DB_NAME
"gwascatalog"
public final java.lang.String
GWAS_CATALOG
"GWASCAT"
public static final int
SHOW
10000
public static final int
SHOW_LINES
1000000
-
org.snpsift.SnpSiftCmdPhastCons Modifier and Type Constant Field Value public static final java.lang.String
FIXED_STEP_FIELD
"fixedStep"
public static final int
SHOW_EVERY
1000
public static final java.lang.String
START_FIELD
"start="
public static final java.lang.String
VCF_INFO_PHASTCONS_FIELD
"PhastCons"
-
org.snpsift.SnpSiftCmdRemoveReferenceGenotypes Modifier and Type Constant Field Value public static final int
SHOW_EVERY
1000
public static final int
SHOW_EVERY_NL
100000
-
org.snpsift.SnpSiftCmdSort Modifier and Type Constant Field Value public static final int
SHOW
1000
public static final int
SHOW_LINES
100000
-
org.snpsift.SnpSiftCmdSplit Modifier and Type Constant Field Value public static final int
SHOW
1000
public static final int
SHOW_LINES
100000
-
org.snpsift.SnpSiftCmdTsTv Modifier and Type Constant Field Value public static final int
SHOW_EVERY
1
public static final int
SHOW_EVERY_NL
100
-
org.snpsift.SnpSiftCmdVarType Modifier and Type Constant Field Value public static final int
SHOW
10000
public static final int
SHOW_LINES
1000000
public static final java.lang.String
VARTYPE
"VARTYPE"
-
org.snpsift.annotate.AnnotateVcfDb Modifier and Type Constant Field Value public static final int
MAX_ERRORS
10
-
org.snpsift.annotate.DbVcfMem Modifier and Type Constant Field Value public static final int
SHOW
10000
public static final int
SHOW_LINES
1000000
-
org.snpsift.annotate.VcfIndex Modifier and Type Constant Field Value public static final java.lang.String
INDEX_EXT
"sidx"
-
org.snpsift.annotate.VcfIndexDataChromo Modifier and Type Constant Field Value public static final int
INITIAL_CAPACITY
1024
-
org.snpsift.annotate.VcfIndexTree Modifier and Type Constant Field Value public static final int
COLLAPSE_MAX_NUM_ENTRIES
4
public static final int
DEFAULT_MAX_BLOCK_SIZE
16384
public static final int
INITIAL_CAPACITY
1024
public static final int
MAX_DIFF_COLLAPSE
2
-
org.snpsift.antlr.SnpSiftLexer Modifier and Type Constant Field Value public static final java.lang.String
_serializedATN
"\u0003\u608b\ua72a\u8133\ub9ed\u417c\u3be7\u7786\u5964\u0002-\u012b\b\u0001\u0004\u0002\t\u0002\u0004\u0003\t\u0003\u0004\u0004\t\u0004\u0004\u0005\t\u0005\u0004\u0006\t\u0006\u0004\u0007\t\u0007\u0004\b\t\b\u0004\t\t\t\u0004\n\t\n\u0004\u000b\t\u000b\u0004\f\t\f\u0004\r\t\r\u0004\u000e\t\u000e\u0004\u000f\t\u000f\u0004\u0010\t\u0010\u0004\u0011\t\u0011\u0004\u0012\t\u0012\u0004\u0013\t\u0013\u0004\u0014\t\u0014\u0004\u0015\t\u0015\u0004\u0016\t\u0016\u0004\u0017\t\u0017\u0004\u0018\t\u0018\u0004\u0019\t\u0019\u0004\u001a\t\u001a\u0004\u001b\t\u001b\u0004\u001c\t\u001c\u0004\u001d\t\u001d\u0004\u001e\t\u001e\u0004\u001f\t\u001f\u0004 \t \u0004!\t!\u0004\"\t\"\u0004#\t#\u0004$\t$\u0004%\t%\u0004&\t&\u0004\'\t\'\u0004(\t(\u0004)\t)\u0004*\t*\u0004+\t+\u0004,\t,\u0004-\t-\u0004.\t.\u0004/\t/\u00040\t0\u00041\t1\u00042\t2\u00043\t3\u0003\u0002\u0003\u0002\u0003\u0002\u0003\u0002\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0004\u0003\u0004\u0003\u0004\u0003\u0004\u0003\u0005\u0003\u0005\u0003\u0006\u0003\u0006\u0003\u0007\u0003\u0007\u0003\b\u0003\b\u0003\t\u0003\t\u0003\n\u0003\n\u0003\u000b\u0003\u000b\u0003\u000b\u0003\f\u0003\f\u0003\r\u0003\r\u0003\u000e\u0003\u000e\u0003\u000f\u0003\u000f\u0003\u0010\u0003\u0010\u0003\u0011\u0003\u0011\u0003\u0011\u0003\u0012\u0003\u0012\u0003\u0012\u0003\u0013\u0003\u0013\u0003\u0014\u0003\u0014\u0003\u0014\u0003\u0015\u0003\u0015\u0003\u0016\u0003\u0016\u0003\u0016\u0003\u0017\u0003\u0017\u0003\u0017\u0003\u0018\u0003\u0018\u0003\u0018\u0003\u0019\u0003\u0019\u0003\u0019\u0003\u0019\u0003\u001a\u0003\u001a\u0003\u001b\u0003\u001b\u0003\u001c\u0003\u001c\u0003\u001c\u0003\u001d\u0003\u001d\u0003\u001e\u0003\u001e\u0003\u001e\u0003\u001f\u0003\u001f\u0003 \u0003 \u0003 \u0003 \u0003 \u0003 \u0003 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